健康食とは、健康を保つ・増進させることを目的とした食事のこと。バランスの良い栄養摂取、無添加・有機食材の利用、塩分や脂肪の制限など、生活習慣の改善を含めた総合的なアプローチを指します。
栄養食とは、必要な栄養素を効率的に補給することを目的とした食事。タンパク質、ビタミン、ミネラルなど特定の栄養成分の補充に重点を置き、患者や高齢者など栄養管理が必要な対象向けの食事です。
使う場面では、健康食は一般的な健康維持が目的で、栄養食は医療や栄養管理が必要な場面向けです。ニュアンスでは、健康食はより広い健康概念（運動、睡眠含む）、栄養食は栄養補給に特化しています。対象では、健康食は健康な人全般、栄養食は病人・要介護者・アスリートなど栄養補給が重要な人を想定しています。
一般的な健康維持・生活習慣改善なら「健康食」、医学的な栄養管理・特定の栄養補給が必要な場合は「栄養食」を選びましょう。ただ文脈で重なることもあります。