「もごもご話す」は、口の中でもぐもぐと不明瞭に、はっきりしない話し方をすることを表します。言葉が聞き取りにくく、滑舌が悪い、または意図的に言葉を濁すときに使われます。不安や躊躇の感情が含まれることもあります。
「つぶつぶ話す」は、小さく弱々しい声で、ぽつぽつと途切れ途切れに話す様子を表します。声量が小さく、句切れが目立つ話し方です。呆然としている状態や、恐怖・悲しみで言葉が出にくい状況で使われることが多いです。
「もごもご」は発音の不明瞭さが中心で、口の動きが不十分または意図的に言葉を濁す場合に使います。一方「つぶつぶ」は声量の小ささと断続性が特徴で、心理状態の不安定さが前提となります。もごもごは聞き手への伝達不足、つぶつぶは話者の心理的状態を強調します。
滑舌の悪さや言葉の不明瞭さを表すなら「もごもご」、声が小さく途切れがちな弱々しい話し方を表すなら「つぶつぶ」を選びます。話者の心理状態の描写が目的なら「つぶつぶ」が適切です。