バイ菌は、病原性を持つ微生物の総称で、特に細菌やウイルス、真菌などを指します。日常会話では医学的な厳密さより、感染症や腐敗を引き起こす目に見えない有害な存在として用いられます。清潔さを強調する文脈で「バイ菌がいっぱい」などと使われ、子どもにも分かりやすい表現です。
「バイ」は「倍」の音から転じた造語で、「菌」と組み合わせた和語。明治時代の衛生教育で普及した造語と考えられます。
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