黒死病は14世紀にヨーロッパで大流行したペスト。数百万人の死者を出し、中世社会に壊滅的な影響を与えた歴史的事象を指します。主に歴史学的な文脈で使用され、あの時代の象徴的な災厄として扱われます。
鼠疫はペスト菌による感染症の一般的な呼び方。ネズミなどの齧歯動物が媒介する病気で、医学的・科学的な文脈で使われます。過去から現在まで、あらゆる時代の発症例に対して用いられます。
黒死病は14世紀のヨーロッパ大流行を特指する歴史用語で、文化的・象徴的意味を持ちます。一方、鼠疫は医学的な病名として、時代や地域を問わず使用できます。黒死病は固有の歴史事象、鼠疫は医学的現象という違いです。
14世紀ヨーロッパの歴史的流行を指すなら黒死病、医学的な病気として一般的に述べるなら鼠疫を使用します。歴史と医学の文脈を区別して使い分けましょう。