転用とは、もともとの目的や用途を変えて、別の目的に使用することです。予算や施設、技術などを異なる目的に転換する際に用います。計画変更や目的変更のニュアンスが強く、元々の予定から逸脱することを示唆しています。
充当とは、資金や物資、人員などを必要な箇所に割り当てたり配置したりすることです。予算配分や人材配置など、必要性に応じて適切に配分する行為を指します。計画的で正当な配置というニュアンスを持ちます。
使う場面では、転用は予定と異なる使途への変更、充当は計画に基づいた配分です。ニュアンスの観点から、転用は融通や変更を伴い、充当は適切な割り当てを意味します。対象では転用は用途を、充当は配分先を主眼とします。転用は「元々の目的から外れる」というやや臨機応変な印象で、充当は「必要な場所に適切に配置する」という正当性を伴います。
転用は予定変更・目的変更のニュアンスが強い場合に、充当は資金や物を必要な所に適切に配分する場合に使用します。公式文書では充当がより一般的です。