「肝心」は「肝心要」の略で、事柄の成否を分ける最も中心的・決定的な部分を意味する。ある物事が成り立つために不可欠で、ここが欠けると全体が失敗するという切迫感を伴う。やや文語的で、使用場面が限定的。
「重要」は物事の重みや大切さを示す広い概念で、優先度が高い、無視できない事柄全般を指す。「肝心」ほど限定的でなく、複数の重要な要素がある場合にも使える。日常会話から文語まで幅広く用いられる。
「肝心」は唯一無二の決定的要素で、全体の成否を握る部分に限定。「重要」は相対的な大切さで、複数の大事な事柄を同時に指せる。「肝心」は本来的な中心性を強調し、「重要」は価値判断の度合いを示す。場面では、「肝心」は締め切りや核心部分、「重要」は幅広い重大事項に用いられる。
「肝心」は「これがないと成り立たない」という唯一性や決定的性を強調したい時。「重要」は優先度が高い・大切だという一般的な大切さを述べたい時に選ぶ。日常的には「重要」の方が使いやすい。