系統とは、事物や概念が共通の特徴や性質によって分類・整理される体系のこと。また、物事の流れや方向性、分野や領域を示す意味でも使われる。理論や方法論、学派などの分類に用いられることが多い。
系譜とは、人物や家族の血筋、または歴史的な流れや出自をさかのぼる文脈で使う言葉。祖先から現在に至る流れや、思想・文化・芸術などの歴史的な発展過程を示す。時間軸と相続関係を重視する。
系統は『分類や組織体系』に焦点を当て、複数の事物を共通点で整理する場合に使う。系譜は『源流から現在への歴史的流れ』に焦点を当て、起源や発展過程を辿る際に使う。系統は横の関係（同じ種類）、系譜は縦の関係（祖先から子孫への流れ）を表現する点で異なる。
分類や体系化を表すなら『系統』、歴史的な発展や起源をさかのぼるなら『系譜』を選ぶ。血筋や文化的継承を表現する場合は『系譜』がより的確。