「種」は物事の根源となる素材や基礎、また秘密や内緒の事柄を意味します。「種がばれる」「火種」など、潜在的で未顕在的な要素を示すことが多く、比喩的・文学的な用法も豊富です。
「原因」は結果が生じた直接的で科学的な理由や要因を指します。因果関係が明確で、論理的・客観的な説明に用いられます。医学・科学などの専門領域でも頻繁に使用される学術的な用語です。
「種」は潜在的・根本的・文化的な側面を強調し、秘密や隠れた要素に焦点を当てます。一方「原因」は顕在的・直接的・科学的な因果関係を説明します。「種」は比喩や物語的文脈で使われやすく、「原因」は論理的説明や公式な文書で用いられます。
秘密・根源・隠れた要素なら「種」、科学的説明・論理的因果関係なら「原因」を選びます。文学的・日常的な会話では「種」、公式な報告書・学術的な文脈では「原因」が適切です。