「流れ」は水や液体、時間、人、情報など幅広い対象の動きや移動を表します。また抽象的な意味として、社会的な傾向や情勢、物語の進行など目に見えない現象も指します。日常会話でよく使われる一般的な表現です。
「水流」は水が流れる現象を指す限定的で専門的な用語です。河川、海流、パイプ内の水など、物理的な水の動きを正確に表現するために用いられます。地理学や物理学、工学などの技術分野で頻繁に使用されます。
「流れ」は使用範囲が広く、水・人・時間・情報・傾向など様々な対象に適用可能で、日常会話に適しています。「水流」は水の流動に限定された専門用語で、科学的・技術的な文脈で正確さを求める場面で用いられます。ニュアンスとしては、「流れ」は自然で柔軟な表現、「水流」は客観的で厳密な表現です。
日常会話や一般的な文脈では「流れ」を使用します。科学報告書や技術文書など、水の動きを厳密に表現する必要があれば「水流」を選びましょう。どちらでも通じる場合は、より自然な「流れ」が無難です。