好気呼吸は、酸素を最終電子受容体として使用し、グルコースなどの有機物を完全に酸化してATPを産生する代謝過程です。ミトコンドリアで行われ、最も効率的なエネルギー産生方法で、1グルコース分子から約30～32個のATPが生成されます。
細胞呼吸は、細胞内でATP産生のために行われるすべての酸化還元反応の総称です。好気呼吸と嫌気呼吸の両方を含み、グリコーシス、クエン酸回路、電子伝達系など複数の代謝経路の総合的な概念を指します。
好気呼吸は酸素の有無が定義の中核で、具体的な代謝過程を指す狭義の用語です。一方、細胞呼吸はエネルギー産生という機能的観点から、酸素呼吸と嫌気呼吸（発酵など）を包含する広義の用語です。医学や生化学では好気呼吸、生物学の教科書では両方の文脈で使い分けられます。
酸素の関与や好気性・嫌気性の区別が重要な場合は好気呼吸、細胞全体のエネルギー産生メカニズムを総合的に説明する場合は細胞呼吸を使うと良いでしょう。