基礎研究とは、実用的な応用を直接的な目的としせず、自然現象や原理の根本的な理解を追究する研究。純粋科学とも呼ばれ、長期的視点から知識体系の基盤を構築することに重きを置く。結果として技術革新につながることもある。
理論研究とは、現象や事象を数学や論理で体系化し、説明・予測する理論を構築する研究手法。既存データの解釈や仮説検証に基づき、包括的な理論体系を目指す。実証研究と対をなす方法論である。
基礎研究は『何のためか不明でも真理を追究する』姿勢で、学問分野全体の基盤作りが目的。理論研究は『理論体系の構築』という具体的な方法論を指し、基礎研究の中にも応用研究の中にも存在できる。前者は目的、後者は手段としてのニュアンスが異なる。
研究の最終目的が『原理の解明』なら基礎研究、手法が『理論構築』なら理論研究を選ぶ。一つの研究が両方を兼ねることもあるため、文脈で判断する必要がある。