命令とは、上位者が下位者に対して絶対に従うべき指示を与えることです。強制力と権威性が強く、従う義務が生じます。軍隊や緊急時など、階級制度や緊急性がある場面で使用されることが多く、拒否は許されないニュアンスが含まれます。
指示とは、より中立的で具体的な行動や方法を示すことです。強制性は命令より低く、相手に対する尊重が含まれます。職場の上司から部下へ、教師から学生へなど、より広い範囲で日常的に使用されます。協力を促す性質が強いです。
場面では、命令は軍事・警察など厳密な階級制で、指示は一般的な職場・教育現場で使われます。ニュアンスとして命令は強制的・絶対的、指示は協力的・柔軟的です。対象では命令は特定の身分・立場の人に対し、指示はより広く誰にでも与えられます。命令は従う義務があり拒否できませんが、指示は相談の余地がある場合があります。
緊急性や絶対的従属が必要な場面では命令を、協力を求めたり相手の判断余地を認める場面では指示を使用してください。日本語では指示の方が日常的で使用範囲が広いため、特に理由がなければ指示を選ぶ方が適切です。