双極子とは、正と負の電荷（または電気的な性質）が微小距離で対になった状態を指します。分子の電気的な非対称性を表し、極性分子などで見られます。電場中での振る舞いが特徴で、電気化学や分光学で重要な概念です。
磁気双極子とは、磁石のように磁気のN極とS極が対になった構造または性質です。電流ループや原子内の電子スピンなどが磁気双極子として機能します。磁場中での相互作用が特徴で、物質の磁性を説明する基本単位です。
双極子は電気的な正負の分離を扱い、分子の極性や電気的性質の説明に用いられます。磁気双極子は磁気的なN極S極の分離を扱い、物質の磁性や磁場との相互作用の説明に用いられます。双極子はより広い概念で、磁気双極子はその磁気版として位置付けられます。
電気的な対称性の破れ・分極を説明する場合は双極子。磁石や磁性、磁場との相互作用を説明する場合は磁気双極子を使い分けます。文脈で対象現象が電気か磁気かで判断してください。