主要部分とは、全体を構成する要素の中で重要度や規模が大きい部分を指します。構造や組織の観点から中心的な役割を果たす部分であり、比較的客観的で具体的です。主に物事の構成や体系において使われます。
核心部分とは、物事の本質や根本にあたる最も大切な部分です。問題の中心、議論の焦点、事柄の真髄など、哲学的・抽象的な意味合いが強いです。表面ではなく内面的・本質的な重要性を強調します。
使う場面の違い：主要部分は構造や組織の説明に、核心部分は本質や要点の説明に使われます。ニュアンス：主要部分は「大きく・広く」、核心部分は「深く・鋭く」という印象です。対象：主要部分は有形・有形を問わず使えますが、核心部分はより無形の本質的事柄に適しています。
構造や構成について述べるなら主要部分。問題の根本や事柄の本質を指摘する場合は核心部分を選びます。迷ったときは、対象が具体的なら主要部分、抽象的なら核心部分という目安が有効です。