主要部分は、ある事柄や組織において、最も重要で核となる役割を果たす部分を指します。機能的・質的な重要性を強調し、全体に大きな影響力を持つ部分です。抽象的な概念にも使え、ビジネスや学問などさまざまな領域で用いられます。
中心部分は、物理的・空間的に真ん中にある部分を指します。位置関係を示す言葉で、より具体的で物質的です。図形や建物、地域など目に見える対象の中央部を表すことが多く、幾何学的な中点を指すニュアンスが強いです。
主要部分は『重要性の度合い』に焦点を当て、機能的に不可欠な部分を指します。対象は抽象的でも具体的でも使えます。一方、中心部分は『物理的な位置』に焦点があり、空間的に真ん中にある部分です。主要部分は戦略的・質的重要性、中心部分は幾何学的位置関係を表すため、文脈に応じて使い分けが必要です。
機能的・重要度的な『核』を述べるなら主要部分。空間的に『真ん中』を述べるなら中心部分。抽象的なテーマ（戦略・概念など）なら主要部分、具体的な物や場所なら中心部分が適切です。