フィルムは、映画撮影・投影に用いるセルロイド製の薄いシート、または写真用の感光材料を指します。35mm、16mmなど規格があり、物理的なメディアとしての映像記録媒体全般を広く表します。転じて映画作品自体を指すこともあります。
セルは、アニメーション制作で背景の上に重ねて描画する透明なセルロイド板です。手描きアニメの時代に1枚1枚のキャラクターや動きを描き、撮影時に重ねることで動画を作成しました。現在もセル画と呼ばれるアニメ画法を表します。
使う場面では、フィルムは映像メディア全般（映画・写真・映像表現）に、セルはアニメ制作技法に特化しています。ニュアンスとしてフィルムは物質的な記録媒体、セルは描画用の画材という違いがあります。フィルムは対象を映像全般、セルはアニメーションに限定した専門用語です。
映画や写真などの映像記録媒体全般を指す場合はフィルムを使用します。アニメーション制作技法や手描き画を指す場合、特にセルロイド板や従来のセル画の話題ではセルを使い分けましょう。