ヒストンは、真核細胞の核内でDNAが巻きつく塩基性タンパク質。8個のヒストン分子によって形成されるコアが、DNAの2周巻きの足がかりとなる。細胞核内でDNAを正確に圧縮する主要な構造因子である。
クロマチンは、DNAとヒストンおよび関連タンパク質が複合したものの総称。細胞核内で染色体を構成する基本的な構造単位。遺伝子発現の調節に重要な役割を果たす核内物質全体を指す。
ヒストンは個別のタンパク質分子であり、クロマチンはそれを含む複合体全体である。DNA圧縮の仕組みを説明するときはヒストン、遺伝子発現調節や核内の構造変化を論じるときはクロマチンを使う。対象の視点では、ヒストンは成分、クロマチンはシステムとして扱われる。
DNA巻きつき機構や個別タンパク質の機能を述べるときはヒストン。遺伝子発現制御や核内構造全体の動的変化を説明するときはクロマチン。両者は包含関係にあり、文脈に応じて使い分ける。