ヌクレオチドは、リン酸基、五炭糖（リボースまたはデオキシリボース）、塩基から構成される有機分子です。DNAやRNAの構成単位であり、エネルギー代謝にも関与します。生化学全般で最も一般的に使用される用語で、ATPやGTPなどの高エネルギー分子も含みます。
核酸単量体は、ヌクレオチドをより形式的・正確に表現した用語です。核酸（DNAやRNA）を構成する最小単位を指し、単量体（モノマー）として重合体である核酸を形成します。学術論文や教科書で、核酸の構造的側面を強調する際に用いられることが多いです。
ヌクレオチドは汎用的な生化学用語で、日常的な研究や教育で広く使われ、エネルギー分子も含む広い概念です。核酸単量体は、より正確で学術的な表現であり、DNAやRNAの構成単位としての構造的役割を強調します。同じ物質を指しますが、文脈によって使い分けられます。
一般的な生化学の説明や広い文脈ではヌクレオチドを使用します。DNA・RNAの構造や配列を厳密に論じる場合は核酸単量体を使うほうが正確です。論文では文脈に応じて使い分けましょう。