ジェリーは英語の「jelly」をカタカナ化した言葉。本来は動物の骨や結合組織から取ったゼラチンを使い、透明でぷるぷるとした食感が特徴です。洋風で高級感があり、ナパージュ（料理の表面を艶やかに見せるコーティング）などにも使われます。
ゼリーは英語の「jelly」を日本語化した表現。日本では、ゼラチン・寒天・こんにゃくなど様々な凝固剤を使った冷たいデザート全般を指します。フルーツゼリー、抹茶ゼリーなど、より日常的で親しみやすい食品として広く使われています。
使用場面では、ジェリーは洋菓子店やフレンチレストランなど高級感が求められる場所で、ゼリーはコンビニやカジュアルな食事の場で用いられます。対象となる食材でも、ジェリーはゼラチンに限定されやすく、ゼリーは寒天やこんにゃくも含む広い概念です。ニュアンスとしてジェリーはより洋風で格式的、ゼリーはより日本的で日常的です。
英語の「jelly」や海外由来の高級食品を指す場合はジェリー、日本国内での日常的な冷たいデザートを指す場合はゼリーを使うと自然です。凝固剤が限定される場合もジェリーが適切です。