キーバインディングは、キーボードのキーに機能を割り当てる仕組み全般を指します。プログラミングやゲーム、テキストエディタなど様々な環境で、キーと処理の対応関係を設定することです。カスタマイズ性が高く、ユーザーが自由に割り当て変更できることが特徴です。
ショートカットキーは、複数のキーの同時押しで機能を素早く実行する手段です。マウス操作よりも高速に命令を入力でき、作業効率を大幅に向上させます。Ctrl+C（コピー）など、アプリケーション側で予め設定されているものが多く、広く知られた定型的な操作方法です。
キーバインディングは対応関係全般を指す広い概念で、ショートカットキーはその一種です。使う場面では、キーバインディングは設定・カスタマイズの文脈で、ショートカットキーは実際の作業効率化の文脈で用いられます。ニュアンスとしてキーバインディングはより技術的・専門的であり、ショートカットキーはより実用的です。対象は前者が全キー割り当て、後者が高速操作用の特定組み合わせ。
技術設定や仕組みについて述べる場合はキーバインディングを、日常的な操作を高速化する方法について述べる場合はショートカットキーを使い分けます。ユーザー向けの説明ではショートカットキー、開発者向けの説明ではキーバインディングが適切です。