pnmはPerformant Node Package Managerの略。Node.jsのパッケージマネージャー。npmより高速で、ディスク容量を節約するストレージシステムを採用。ワークスペース対応で、モノレポ開発に優れています。シンボリックリンクを活用した効率的な依存関係管理が特徴です。
Yarnはフェイスブック（現Meta）開発のJavaScriptパッケージマネージャー。npmの課題を解決するため2016年に登場。並列ダウンロード、キャッシュ、ロックファイルにより高速・安定を実現。大規模プロジェクトに向き、企業でも広く採用されています。
【使う場面】pnpmはディスク容量節約重視、大規模モノレポ向け。Yarnは安定性重視、エンタープライズ向け。【ニュアンス】pnpmはテクニカル・革新的。Yarnは実績・信頼重視。【対象】pnpmはモダン開発者、Yarnはチーム開発・大規模企業。速度はpnpmが上、安定性はYarnが優位。
ディスク効率・速度重視ならpnpm、安定性・実績重視ならYarnを選択。チーム開発で既存環境がYarnならそのまま継続。新規プロジェクトなら両者の要件比較で判断するのが最適です。