MyBatisはJava用のオープンソースORマッピングフレームワークです。XMLまたはアノテーションでSQL文とJavaオブジェクトをマッピングし、データベース操作を簡潔に実現します。複雑なクエリ制御が可能で、SQLの自由度が高いことが特徴です。
SQLマッパーはSQL文とプログラムのオブジェクトを対応させるパターンの総称です。MyBatisもHibernateなども広義のSQLマッパーに含まれます。設計思想やアーキテクチャパターンを表す概念で、実装方法は複数存在します。
MyBatisは特定のフレームワーク製品を指しますが、SQLマッパーは設計パターンの総称です。使う場面ではMyBatisは具体的な導入選択肢を、SQLマッパーはアーキテクチャ検討の段階で言及します。MyBatisはSQLマッパーパターンの一実装例であり、他のORマッパーもSQLマッパー概念に属します。
具体的なツール選定ならMyBatisを、アーキテクチャ設計論ならSQLマッパーを使用します。MyBatisの導入検討時に、SQLマッパーパターンの理解が設計の基礎になります。