Javaの標準ORMは、オブジェクト指向プログラミングとリレーショナルデータベースの違いを解消するための一般的な技術体系です。データベーステーブルをJavaオブジェクトにマッピングし、SQLを直接書かずにデータベース操作を実現します。
JPAはJava Persistence APIの略で、Javaの標準ORM仕様として正式に定義されています。HibernateやEclipseLinkなどの実装フレームワークに従うべき規格であり、アノテーションやメソッドの使用方法が標準化されています。
Javaの標準ORMは広い概念で、複数の実装方法やツールを含みます。JPAはその標準化された仕様です。JPAを使えば、異なるORMプロバイダ間での乗り換えが容易です。一方、標準ORMは実装依存の機能も許容します。実務ではJPAを採用することで、標準ORMの利点を体系的に得られます。
新規プロジェクトではJPAを採用すべきです。標準仕様のため、チーム開発でも保守性が高く、フレームワーク間の移行も容易です。既存システムの拡張時も、可能ならJPA準拠に統一することを推奨します。