「骨格」は、生物の骨組みや建築物の枠組みなど、物理的に目に見える支持体系を意味します。転じて、文章や組織などの基本となる枠組みや大まかな形を指します。視覚的・具体的なイメージが強く、全体を支える最小限の要素を強調します。
「基本構造」は、物や概念がどのように組み立てられているか、その仕組みや成り立ちを指します。目に見えないシステムや理論的な枠組みにも用いられます。物理的な形よりも、要素間の関係性や機能的な配置に焦点を当てた、より論理的・分析的な用語です。
「骨格」は建物や人体など物理的で具体的な対象に用いられ、全体を支える目に見える枠組みを表します。一方「基本構造」は、システム・理論・組織など抽象的な対象にも用いられ、要素の関係性や機能的な仕組みを分析的に表現します。「骨格」はビジュアル的、「基本構造」は概念的・機能的なニュアンスがあります。
物理的で形が見える対象には「骨格」、システムや理論など概念的な対象には「基本構造」を使うのが目安です。分析や説明の対象が何かを判断して選択しましょう。