「食べる」は食物を口に入れて飲み込む基本的な動作を表します。日常会話で最も一般的に使われる動詞で、自分や同等の人、子どもなどに対して用いられます。中立的で特に敬意を含みません。
「召し上がる」は「食べる」の敬語で、相手を敬う表現です。目上の人や顧客など敬意を示すべき相手の食べる行為に対して使用されます。改まった場面や丁寧な対応が求められる状況で使われます。
「食べる」は対等か自分より下の立場の人に、「召し上がる」は相手を敬う必要がある場面に使い分けます。使う場面として、「食べる」は家族や友人との会話、「召し上がる」はビジネス場面や初対面の目上の人との会話が典型です。ニュアンスは「食べる」は中立的、「召し上がる」は丁寧で敬意を表します。対象は「食べる」は誰にでも、「召し上がる」は敬うべき相手に限定されます。
相手が目上の人・顧客・初対面の人なら「召し上がる」を使いましょう。家族や親友など対等以下の関係なら「食べる」で構いません。不確かなら敬語を選ぶことが無難です。