非自動化とは、自動化の対義語で、機械やシステムに任せず人間が介入する状態を指します。プロセスや業務が自動化されていない、または自動化を導入していない状況を表現する際に用いられます。やや技術的・経営的な文脈で使われることが多いです。
手作業とは、人間が手を使って、または直接的な身体動作により作業を行うことを指します。より具体的で実務的な表現で、製造・製作・処理など様々な分野で使われます。物理的な動作や直接的な作業を強調するニュアンスです。
非自動化は自動化との相対的な概念で、システム・プロセスの段階を述べる抽象的な用語です。一方、手作業は実際の作業方法や実行形態を指す具体的な用語です。非自動化は導入判断や企画段階で、手作業は実際の業務実行場面で使われやすく、対象の抽象度が異なります。
システム改善・効率化を論じる場面では非自動化、実際の作業内容や製作方法を説明する場面では手作業を選びます。技術的文脈では非自動化、実務的文脈では手作業が適切です。