非互換は、異なる規格やシステム同士が相互に作動しない、または互いに対応していない関係を表します。技術的な相違から生じ、主に機械・ソフトウェア・フォーマットなどの分野で使用されます。一度決まると解決が困難な場合が多いです。
不適合は、何らかの基準・規格・要件・目的に対して合致していない状態を指します。製品品質、規制基準、仕様書など様々な基準との関係で使用されます。改善や修正により解決可能な場合が多いです。
非互換は規格やシステムの根本的な相違による対応不可の状態に焦点があり、主に技術的な相容性の問題です。不適合は要件や基準との関係における齟齬で、改善可能性があります。非互換は選定段階で判断される傾向があり、不適合は検査・評価時に発見されやすいです。また非互換は複数システム間の関係、不適合は単一の対象と基準の関係で使われることが多いです。
異なるシステム・規格・バージョン間の対応不可なら非互換、基準や要件との不合致なら不適合を使用します。複数対象間の相互関係なら非互換、単一対象と基準の関係なら不適合が適切です。