電子伝達系とは、電子が一連のタンパク質複合体を通じて段階的に移動し、エネルギーを放出するプロセスの総称。好気呼吸だけでなく、光合成や嫌気呼吸など多様な生化学的反応に存在する普遍的な機構です。
呼吸鎖とは、ミトコンドリア内膜に存在する電子伝達系の具体的な構造を指す用語。複合体Ⅰ～Ⅳとプロトンポンプから構成され、酸素を最終電子受容体としてATP合成に直接寄与する機構を指します。
電子伝達系は理論的・広範な概念であり、様々な代謝経路で電子移動が起こるすべての場合を対象とします。呼吸鎖は電子伝達系の実装例として、ミトコンドリアの好気呼吸におけるATP産生機構を指す具体的で限定的な用語です。学部教育では両者はほぼ同義で使われることもありますが、厳密には呼吸鎖は電子伝達系の一部です。
一般的な代謝プロセスや理論的説明では「電子伝達系」を、ミトコンドリアのATP産生機構を具体的に説明する場合は「呼吸鎖」を使い分けるのが望ましいです。