隠蔽（いんぺい）は、不都合な事実や過ちを意図的に隠して、外部に知られないようにする行為です。ネガティブな意味を持ち、多くの場合は違法性や不正性を伴います。企業の不正隠蔽やスキャンダル隠蔽など、道徳的・法的問題がある場面で用いられます。
秘匿（ひとく）は、正当な理由に基づいて情報を秘密にして保護する行為です。中立的なニュアンスで、法的に認められた秘密保護を指します。営業秘密の秘匿や個人情報の秘匿など、情報セキュリティや権利保護の場面で用いられます。
使う場面では、隠蔽は不正や過失を隠す場面で、秘匿は正当な機密情報を保護する場面で使います。ニュアンスは隠蔽が非難的で悪意的、秘匿が中立的で正当性を持ちます。対象は隠蔽が不都合な事実・過ち・不正、秘匿が企業秘密・個人情報・国家機密など保護すべき情報です。法的観点では隠蔽は違法性を帯びることが多く、秘匿は法的に保護されます。
隠蔽は悪意や不正を含む場合、秘匿は正当な理由や法的根拠がある場合に使い分けます。過去の過ちを隠すなら隠蔽、保護すべき情報を守るなら秘匿です。文脈で判断しましょう。