航路利用とは、既に開設されている船舶の航行路（航路）を利用することを意味します。特定のルートや航路を活用する行為を指し、国際航路や定期航路などの既存の道筋を使用することに焦点があります。
海上輸送とは、船舶を使って貨物や人員を海路で運ぶ運送方法全般を指します。輸送手段としての船舶の利用や、海を経由した物流・人流システム全体を指す包括的な概念です。
航路利用は既存の「ルート・経路」の使用に着目する用語で、特定の航路を選択・利用する判断や行為を表現します。一方、海上輸送は「運送プロセス全体」を指し、出発地から目的地までの船を使った輸送業務や産業全体を表します。航路利用は手段・経路、海上輸送は産業・活動という違いがあります。
特定のルートや経路の使用について述べるなら「航路利用」、船での輸送全般や産業として語るなら「海上輸送」を選びます。より具体的・限定的な場面では航路利用、より広い範囲では海上輸送が適切です。