自動機械は、歯車やベルト・油圧など機械的な部品で自動動作する装置。工場の製造機械など大規模で複雑な構造が特徴。部品交換や定期メンテナンスが必要な場合が多く、物理的な力で動作する機器全般を指します。
自動機器は、電子制御やセンサーで自動動作する機械装置の総称。自動販売機やATMなど小型～中型の電気電子機器を含む。機械式より電子式が多く、使いやすさと効率を重視した製品が該当します。
使う場面では自動機械は製造現場や工業用途、自動機器は日常生活や商業施設での使用が中心。対象の規模は自動機械が大型複雑系、自動機器は小～中型。ニュアンスとして自動機械は「機械工学的」、自動機器は「電子技術的」という印象。一般的に自動機器は日常語、自動機械はやや技術的な表現です。
大型の工業機械・機構的複雑さ→自動機械。日常生活・小型・電子制御→自動機器。実務では文脈で判断し、工業分野では自動機械、一般向けは自動機器を使い分けるのが適切です。