膜輸送関連タンパクは、細胞膜やオルガネラ膜を通じた物質輸送に直接関与するタンパク質群の総称です。チャネルタンパク質、キャリアータンパク質、ポンプ、受容体など、膜構造と密接に関連した機能を持つタンパク質を包括的に指します。膜生物学の文脈で用いられることが多いです。
輸送タンパク質は、細胞内外で物質を運搬・移動させる機能を持つタンパク質の総称です。膜輸送に限らず、血液中でのヘモグロビンやアルブミンのような物質運搬、細胞内輸送、タンパク質分泌など、広範囲の輸送現象に関わるタンパク質を指します。より広い概念です。
膜輸送関連タンパクは膜通過・膜介在という「膜との関係性」に焦点を当て、より限定的で構造生物学的な視点で用います。一方、輸送タンパク質は物質の「運搬機能」に焦点を当てた広義の分類で、膜に依存しない血漿タンパク質なども含みます。膜輸送関連は学術的・詳細な文脈、輸送タンパク質は一般的・包括的な文脈で使用されます。
膜通過・膜構造が重要な場合や膜生物学的な詳細さが必要なら「膜輸送関連タンパク」、物質運搬機能の観点から広く捉える場合は「輸送タンパク質」を選びます。医学・薬学分野では前者、生化学の一般的説明では後者が好まれます。