統合とは、異なる性質や機能を持つ複数の要素や事柄を、一つの体系や全体にまとめることを指します。より広い概念で、物理的なもの、抽象的なもの、組織など様々な対象に使用できます。統一や調和を目指すプロセスを重視する傾向があります。
合併とは、複数の法人や団体が一つになることを指し、法律的・制度的な意味合いが強いです。特に企業や自治体などの正式な組織が対象となることが多く、法的な手続きを伴うことが特徴です。より限定的で専門的な用語です。
統合は使う場面が広く、教育統合・システム統合・データ統合など抽象的概念にも使えます。合併は主に企業や自治体などの組織が法的手続きを経て一つになる場面に限定されます。統合はプロセスを、合併は結果や法的事実を指すニュアンスの違いがあります。
組織の法的な一体化を指すなら合併、要素をまとめる・統一するという広い意味なら統合を選びます。企業や自治体の場合は合併、システムやデータなど無形資産なら統合が適切です。