細胞内導入とは、外部の物質（DNA、タンパク質、化学物質など）を細胞内に取り込ませるプロセスの総称です。電気穿孔法、マイクロインジェクション、ファゴサイトーシスなど複数の方法を含む広義の概念で、あらゆる細胞と物質を対象とします。
細胞形質導入とは、主にDNAやRNA、タンパク質などの遺伝学的物質を細胞の形質膜を通じて導入する技術です。トランスフェクション、エレクトロポレーションなどの具体的手法を指し、遺伝子導入や分子生物学実験で頻繁に使用されます。
細胞内導入は広義の概念で、あらゆる物質をあらゆる方法で細胞内に入れることを指します。一方、細胞形質導入は狭義で、主に遺伝学的物質（DNA・RNA・タンパク質）を形質膜経由で導入する特定の技術です。細胞形質導入は細胞内導入の部分集合であり、より専門的で限定的な用語として使われます。
遺伝子やDNAの導入を言う場合は細胞形質導入が適切です。一方、化学物質や多様な物質の細胞内取り込み全般を指す場合は細胞内導入を使います。学術論文では対象物質の種類に応じて使い分けます。