科目とは、大学や専門学校などの教育機関で学ぶ個別の講座や授業単位を指す。より細分化された、具体的な学習内容の区分であり、履修登録の対象となる。
教科とは、小中学校の教育課程で定められた学習分野全体を指す。国語・数学・理科・社会など、体系的に構成された教育内容の大分類。
使う場面では、教科は義務教育や学習指導要領に基づく制度的な分類に用いられ、科目は大学や高等専修教育で個別の授業・講座を示す。ニュアンスとして、教科は体系的な教育分野全体、科目は選択可能な個別単位。対象では、教科は小中学生向け、科目は高校生以上向けの用語。
義務教育の学習内容なら「教科」、大学・高校の個別授業なら「科目」を使用。文脈として、制度的・公式的なら「教科」、選択的・具体的なら「科目」が適切。