真髄（しんずい）は、物事の最も奥深く優れた核心的部分を指します。芸術、思想、技芸など、深い理解や修得を要する対象に対して使われることが多いです。「この曲の真髄を理解する」など、最高の境地や真の価値を表現する際に用いられ、やや格調高い印象を持ちます。
本質（ほんしつ）は、物事の根本的な実体や性質を指します。対象の本来の姿、変わらない性質、最も基本的な特性を表します。哲学、科学、論理的分析など、あらゆる分野で客観的に使われます。より中立的で普遍的な表現です。
真髄は物事の最も優れた、奥深い側面であり、習得や理解に時間を要する深い部分です。本質は物事が本来持つ根本的な性質で、良い悪いを含めた客観的実態です。真髄は芸術や精神性に、本質は科学や理論に適しています。また真髄は「たどり着く」「極める」といった修行的プロセスを含意しやすく、本質は「明らかにする」「分析する」といった客観的アプローチに合致しやすいです。
深い修得や精神的な核心を述べる場合は真髄、根本的な性質や客観的事実を述べる場合は本質を選びましょう。真髄は主観的価値を含み、本質は客観的実態を指すという使い分けが有効です。