独立システムは、外部システムに依存せず単独で機能する技術的な構造。他のシステムと分離された設計で、各機能が独立して動作する特徴を持つ。IT分野で特に用いられ、システムの柔軟性や保守性を高める。
自立運営は、組織や事業が外部支援に頼らず自力で経営・運営する能力や状態。管理体制や資金、人員を自主的に確保し、独自の判断で事業を進める特徴がある。経営・組織論で用いられることが多い。
独立システムは技術的な構成や設計の問題で、機能の独立性に焦点がある。自立運営は経営的・組織的な運営能力の問題で、経営自主性に焦点がある。前者は『どう作られているか』、後者は『どう動いているか』という視点の違いがある。前者はシステム開発の対象、後者は組織や企業の対象となる。
技術・システム設計の話題なら独立システム、経営・組織運営の話題なら自立運営を選ぶ。対象が機能・構造か、経営能力・運営体制かで判断するとよい。