特定とは、多くの中から調査や分析を通じて、ある一つのものを限定して確定させることです。主体が対象を分析・調査し、その結果としてたどり着く過程が含まれます。「犯人を特定する」「原因を特定する」など、不確定なものを確定させるニュアンスが強いです。
指定とは、あらかじめ定められた条件や基準に基づいて、対象を指し示し決めることです。外部からの指示や規則に基づいて選択・決定させる場合に使います。「場所を指定する」「時間を指定する」など、命令や選択の意味合いが含まれます。
特定は調査や分析を経た結果として一つに限定するプロセスが中心で、不確定から確定へ至ることが特徴です。指定は明示的な指示や規則に基づいて対象を決める行為で、外部からの決定権が伴います。特定は「見つけ出す」、指定は「決める・指し示す」という本質的違いがあります。
不確定なものを確定させるなら「特定」、外部から条件を設定して決めるなら「指定」と判断します。「真犯人を特定する」と「集合時間を指定する」の違いが目安になります。