「消える」は、あったものが視界から失われたり、痕跡がなくなったりする状態を表します。光、音、姿、痛みなど、感覚的に認識できるものが対象になりやすいです。比較的急速な変化を指すことが多く、物理的・視覚的な消失を強調します。
「無くなる」は、物が存在しなくなる状況全般を表します。紛失、消費、枯渇、死亡など、存在そのものが失われることを指します。「消える」より広い範囲に使え、物・人・抽象的概念など対象が広いです。段階的な変化も表せます。
使う場面では、「消える」は視覚的・感覚的な消失（ライトが消える、足音が消える）、「無くなる」は存在的な喪失（ペンがなくなった、時間がなくなった）に向きます。ニュアンスとしては、「消える」は一瞬の出来事、「無くなる」は状態変化を示します。対象では、「消える」は目に見えるもの・感覚的なもの、「無くなる」は有形無形問わず広範に使えます。
感覚的な消失や急速な変化なら「消える」、存在そのものの喪失や一般的な消失なら「無くなる」を選びます。「消える」は限定的で詩的、「無くなる」は日常的で広範です。文脈に応じて使い分けましょう。