永続化層は、アプリケーションのデータをメモリから永続的に保存するための抽象的な層。データベース、ファイルシステム、キャッシュなど複数の保存手段を統合管理する概念。システムアーキテクチャにおいて、アプリケーション層と実際の保存先の間に位置する。
ストレージ層は、実際にデータを物理的に保存するハードウェアまたはサービス。HDD、SSD、クラウドストレージなど具体的な保存デバイス・インフラを指す。永続化層が抽象概念なのに対し、より具体的で下位層の概念。
永続化層は設計・実装レベルの概念で、データ永続化の仕組みをどう構築するかに焦点。ストレージ層はインフラレベルで、実際どこにどのように保存するかに焦点。永続化層はDBMSやORMなどのソフトウェアスタック全体を含み、ストレージ層はその最終的な物理的受け皿。アーキテクチャ討議では永続化層、インフラ構築では主にストレージ層の用語が使われる。
データ保存の仕組み・設計を述べるなら永続化層。実際の保存先・ハードウェア・インフラを述べるならストレージ層。アーキテクチャ議論は永続化層、システム構築計画はストレージ層が適切。