永年（えいねん）は「永遠に近い、限りなく長い期間」を意味します。主に制度や慣習など、時間の終わりが不確定なものに用いられます。また、勲章や表彰などの「永年の功績」というように、継続的で変わらない状態や貢献を指すことが多いです。
長年（ながねん）は「実際に長い年月が経過したこと」を意味します。具体的な期間の長さを表現する場合に用いられ、経験や実績、習慣など、実際に積み重ねられたものに対して使用されます。より日常的で一般的な表現です。
永年は時間の長さが無限定・永遠に近いニュアンスで、制度・表彰・記録など客観的・公式的な文脈で使われます。長年は実際に経過した具体的な長い期間を指し、個人の経験や実績、日常的な状況に適用されます。永年は「続く性質」、長年は「続いた実績」という違いがあります。
公式な表彰や制度、変わらぬ状態を表す場合は永年を、実際の経験年数や習慣、具体的な実績を述べる場合は長年を選びます。一般的には長年の方が日常会話でよく使われます。