永年（えいねん）は、非常に長い期間、ほぼ永遠に近い時間経過を指します。主に文語的・格調高い表現で、「永年の念願」「永年勤続」など、長きにわたる状態や願いを強調する際に用いられます。時間の長さが強調される傾向があります。
多年（たねん）は、複数の年月にわたる期間、かなり長い年数を意味します。「多年の経験」「多年にわたる研究」など、実際の年月の積み重ねを指すことが多く、より現実的で具体的な期間を表現します。
永年は心理的・精神的な『長さ』の強調で、完全性や恒久性のニュアンスを持ちます。多年は複数年という具体的な時間の積み重ねに焦点を当てます。永年は願い・思い・状態に、多年は経験・活動・努力に使われることが多く、永年の方がより格調高く文語的です。
永遠性や理想的な願い・状態を表すなら永年、実際の年月と経験・実績を表すなら多年を選びます。公式文書では永年、学術的・実務的な文脈では多年が適切です。