「水流」は水が流動する現象や状態を指す名詞。物理学や工学の文脈で使用されることが多く、より技術的・科学的なニュアンスを持つ。水の移動・循環・力学的性質などを客観的に説明する場合に用いられる。
「川の流れ」は川という自然地形における水の流動を指す表現。日常会話や文学的文脈で使用され、より具体的で身近なイメージを持つ。自然現象としての川の動きや、転じて時間の経過などを比喩的に表現する際に用いられる。
「水流」は水が流れる現象全般を指す普遍的な用語で、川・海・パイプなど場所を限定しない。一方「川の流れ」は川に限定された具体的な場面を指す。また「水流」は物理的・技術的説明に適し、「川の流れ」は自然描写や比喩表現に適している。文語的なニュアンスも「水流」の方がやや学術的である。
技術的・物理的な説明や学術的文脈では「水流」を使用。日常会話・文学的表現・自然描写には「川の流れ」が適切。川の水について述べる場合でも、現象として客観的に説明するなら「水流」、風情や情景を表現するなら「川の流れ」を選択する。