「段階を踏む」は、物事を段階的・順序立てて進める意味。プロセスを守りながら着実に進行する様子を表します。計画的で論理的なプロセスを指すことが多く、ビジネスや学習など様々な文脈で使用される一般的な表現です。
「段を踏む」は、本来は階段の段差を足で踏むという物理的行為です。比喩的には「段階を踏む」と類似の意味で使われることもありますが、現代日本語では物理的意味が主流で、比喩用法は古風または限定的です。
「段階を踏む」は比喩的・抽象的なプロセスに専門的に使用され、ビジネス・教育・計画など広範な場面で標準的です。「段を踏む」は物理的な段差を踏む行為が本来の意味で、比喩的使用は稀です。「段階を踏む」は段階数が複数であることを含意しますが、「段を踏む」は単数の段も複数の段も表せます。
プロセスや手順を進める意味なら「段階を踏む」を選びましょう。物理的な段差を踏むなら「段を踏む」が適切です。現代日本語では「段階を踏む」がより一般的で推奨される表現です。