機械故障とは、機械の部品が破損したり、内部の動作に異常が生じたりして、機械が正常に動作しなくなった状態。原因が物理的な損傷や劣化にあることが多く、修理が必要になる場合が大半。機械装置全般に対して使われる。
機能停止とは、機械やシステムの動作が一時的に中止・停止された状態。故障による停止だけでなく、電源遮断やエラー検出による自動停止なども含む。回復が比較的容易な場合も多く、より広い範囲で使用できる。
機械故障は部品破損など物理的な損傷が原因で、修理に時間がかかることが前提。機能停止は動作の中断全般を指し、故障以外の原因（電源OFF、システムエラー検出など）も含む。故障は問題の深刻さを強調し、停止は状態の一時性を示唆する。対象としては、故障は複雑な機械に、停止はシステムやコンピュータにも使われやすい。
部品損傷や修理が必要な状況では「機械故障」を使う。動作の中断全般や一時的な停止には「機能停止」が適切。物理的な破損の有無が判断基準となる。