有機反応機構は、反応がどのような段階を経て進行するかを詳細に説明するもの。電子の移動、中間体の生成、結合の切断と形成の順序など、ミクロなレベルでの反応プロセスを矢印で示す機構図として表現されます。理論的・学術的な文脈で用いられます。
有機化学反応は、反応物から生成物へ至る化学変化の全体を指す広い概念。どのような物質がどのような物質に変わるかという現象的側面を重視します。教科書や実験レポートで「～という反応が起こった」と述べる際の一般的な表現です。
有機反応機構は『なぜそのように反応するのか』という反応の深い理由・過程を説明するため、詳細で技術的な場面で使用されます。一方、有機化学反応は『何が何に変わるか』という変化そのものを指し、より広く一般的です。機構は反応の説明方法、反応は現象そのものというニュアンスの違いがあります。
反応の『詳しい過程・矢印・電子移動』を説明する場合は機構を、反応の『全体像・結果・種類』を述べる場合は反応を使い分けます。論文や詳細な解説は機構、一般的な説明は反応が適切です。