有機反応機構とは、有機化学における化学反応がどのような段階を経て進行するかを詳細に説明するもの。電子の移動、中間体の生成、結合の切断と形成などを矢印や構造式で表現し、反応の全容を理論的に解明する。
反応機構とは、化学反応全般において、反応物から生成物への変化過程と反応経路を説明する概念。無機反応・有機反応を問わず、反応の進行メカニズムを記述する広い意味の用語である。
有機反応機構は有機化学分野に限定されたより専門的な表現で、電子移動を詳細に追跡する。反応機構は有機・無機を問わず化学全般に適用できる広義の用語。学会論文では有機反応機構、教科書では反応機構と使い分けられることが多い。有機反応機構はより詳細で視覚的、反応機構はより包括的である。
有機化学の詳細な反応過程を説明する場合は「有機反応機構」、無機反応を含め化学全般の反応経路を述べる場合は「反応機構」を選ぶ。学位論文では有機反応機構がより学術的である。