是認とは、既に行われた行為や決定を事後的に正当だと認めることです。相手の判断や行動を承認・同意するニュアンスが強く、受け身的な性質があります。既存の事柄に対して是とする（正しいと認める）という意味合いです。
認可とは、権限を持つ者が申請や計画に対して公式に許可を与えることです。能動的で権威的な行為であり、法的・行政的な効力を伴うことが多いです。新たに何かを行うことを許可する際に用いられます。
是認は既に存在する事柄への事後的な承認で、相手の判断を正当だと認める受け身的行為です。一方、認可は権限者が新規の申請や計画に対して公式に許可を与える能動的行為です。使う場面では、是認は議論や報告への同意、認可は許認可手続きや行政手続きが典型的です。対象も、是認は既存事項、認可は新規事項や申請事項という違いがあります。
既に存在する事柄や相手の判断を正当だと認める場面では是認を、権限に基づいて新たな行為や計画を許可する場面では認可を使い分けます。法的手続きを伴う場合は認可が適切です。