「振るわない」は、期待や予想に対して十分な成果や活躍ができていない状態を表します。パフォーマンスが標準以下であることを示し、やや消極的で期待外れのニュアンスが強いです。業績や成績に対して用いることが多いです。
「不調」は、本来の調子や調子の良い状態から悪くなった状態を指します。体調・機械・成績など広く使え、一時的な低迷を示します。通常より悪いという客観的な状況描写で、復帰可能性が含まれるニュアンスです。
使う場面では、「振るわない」は予期された期待値との比較が前提で、「不調」は通常の調子との比較です。ニュアンスでは、前者は「期待に応えられていない」という評価的要素が強く、後者は「本調子ではない」という状態描写です。対象では、「振るわない」は人の活躍や業績中心で、「不調」は体調・機械・チーム全体など幅広く使えます。
期待との乖離を強調したい場合は「振るわない」、通常状態からの悪化を客観的に述べたい場合は「不調」を使用します。「不調」の方が広い対象に適用でき、一時的な状態の改善可能性を含みます。