「指示に従わない」は、与えられた具体的な指示や手順を実行しないことを意味します。指示の内容を理解した上で、それを守らない、実行しない状態を表します。ビジネスや日常生活で使われ、比較的中立的な表現です。
「命令を聞かない」は、命令そのものを受け入れない、聞き入れない態度を指します。命令者の指示を無視する、反発する心理状態を強調します。より感情的で、対抗的なニュアンスを含むことが多いです。
使う場面：「指示に従わない」は実行レベルの問題、「命令を聞かない」は受け入れ拒否の態度を指します。ニュアンス：前者は客観的で中立的、後者は感情的で反抗的です。対象：前者は具体的な指示内容、後者は命令者の権威や指示全般に向けられます。組織では「指示に従わない」、反抗的な状況では「命令を聞かない」が使われます。
実行・遵守の有無なら「指示に従わない」、相手の指示を拒否・反発する態度なら「命令を聞かない」を使いましょう。前者は行動、後者は姿勢に焦点を当てています。